商周有封国阙巩国，春秋时巩邑为周地，阙巩国、巩邑均在今河南巩义一带，巩姓可能源自以国名或邑名为姓；西羌有巩唐羌部落，岷山羌人有巩廉氏，部分巩姓可能与古羌人有关；此外，部分巩姓源自满族、蒙古族等少数民族改姓。

南宋有理学家巩庭芝，山东须城人，后迁居武义，武义（今浙江武义）巩氏为当地科举士族，诞生了巩湘、巩嵘、巩丰等多位进士。

元代易州（今河北易县）有巩氏，代表人物有镇抚巩彦晖，其子巩信官至管军千户。

明代顺天府大兴（今北京）有巩永固，娶明光宗第八女乐安公主，拜驸马都尉；真宁县（今甘肃正宁）巩氏，代表人物崇祯期间河南林县知县巩焴；应天府（今江苏南京）人巩珍，担任总制之幕，随郑和下西洋。

清代伏羌县（今甘肃甘谷）有巩建丰，康熙五十二年中进士，历任翰林院检讨、国史馆攥修、云南学政、侍读学士。